Honecker pertenecía al grupo de dirigentes comunistas de la era de Breznev, pero a diferencia de los relevos habidos en Checoslovaquia y Hungría, él no consideró necesario en su país una perestroika a la prusiana, aduciendo la eficacia de su gestión económica que ha hecho de la RDA el país más próspero del bloque de los países socialistas.
El 18 de octubre de 1989, presionado por una ola de descontento popular y una huida masiva de alemanes hacia Occidente, después de iniciarse el proceso de democratización, fue destituido de sus cargos de jefe de Estado, máximo dirigente del Partido Comunista y jefe del Ejército. El 3 de diciembre fue expulsado del PC, y días después la Fiscalía General abrió contra él una investigación por "abuso de poder y corrupción" y por alta traición.
Desde noviembre de 1989 a enero de 1990, Honecker estuvo recluido en su casa de dos pisos situada en un a barriada de lujo de Berlín Este, que había sido una especie de gueto de lujo para la clase dirigente.
Crímenes de guerra
Los tribunales alemanes emitieron una orden de detención contra él por homicidio y por supuesto uso indebido de medios materiales y financieros. Se le considera responsable de la muerte de 198 personas, que fallecieron cuando intentaban huir de la RDA a consecuencia de los disparos de los soldados germanoorientales.
Se supone que esta orden de disparar a matar llevaba su firma, aunque Honecker sostuvo que le fue impuesta por el Pacto de Varsovia. Huyó a Moscú, pero la caída de Mijail Gorbachov y la desaparición de la Unión Soviética, le hizo perder su última tabla de salvación. Pidió asilo político en la embajada chilena en Moscú y, tras un conflicto diplomático entre Alemania, Rusia y Chile, el 14 de enero de 1993, enfermo de cáncer, llegó a Santiago de Chile, donde falleció un año después.